Die FMH umfasst als Dachverband der Schweizer Ärzteschaft 26 Basisorganisationen. Das sind kantonale Ärztegesellschaften, der Verband Schweizerischer Assistenz- und Oberärztinnen und -ärzte VSAO sowie der Verein der leitenden Spitalärzte der Schweiz (VLSS). Ärztinnen und Ärzte, die der FMH angehören, sind zugleich Mitglied einer dieser Basisorganisationen. Daneben anerkennt die FMH für jedes Fachgebiet eine entsprechende Fachgesellschaft. Basisorganisationen und anerkannte Fachgesellschaften sind in der Ärztekammer – dem Parlament der FMH – vertreten.