Die Ärztekammer bildet sozusagen das Parlament der FMH. Sie ist nach der Gesamtheit aller Mitglieder (Urabstimmung) das oberste Organ des Verbands und setzt sich aus 200 stimmberechtigten Delegierten der Basis- und Fachorganisationen zusammen, die alle vier Jahre (wieder)gewählt werden:
Die Ärztekammer kann weiteren Ärzteorganisationen die Teilnahme an ihren Sitzungen einräumen (ohne Stimm- und Wahlrecht). Sie bestimmt die Grundzüge der Verbandspolitik, überwacht die Tätigkeit der anderen Organe und fasst die für alle Mitglieder verbindlichen Beschlüsse im statutarischen Bereich. Die rechtlichen Grundlagen sind in den Statuten und in der Geschäftsordnung der FMH geregelt.