Die Geschäftsprüfungskommission (GPK) setzt sich aus fünf von der Ärztekammer gewählten Mitgliedern zusammen. Da sie die Amtsführung der Delegiertenversammlung, des Zentralvorstandes sowie des Generalsekretariats überprüft, dürfen ihre Mitglieder keinem anderen Organ der FMH angehören. Die GPK kontrolliert die Jahrsrechnung und verfügt über verschiedene Kompetenzen bei Ausgaben ausserhalb des Budgets sowie bei Vertragsabschlüssen mit grosser finanzieller Tragweite. Die rechtlichen Grundlagen sind in den Statuten und in der Geschäftsordnung der FMH geregelt.