En tant qu’organisation faîtière du corps médical suisse, la FMH regroupe 26 organisations de base, à savoir les sociétés cantonales de médecine, l’Association suisse des médecins-assistant-es et chef-fes de clinique (ASMAC) et l’Association des médecins dirigeants d’hôpitaux de Suisse (AMDHS). Les médecins qui adhèrent à la FMH sont également membres de l’une des ces organisations de base. Parallèlement, la FMH reconnaît une société de discipline médicale pour chaque spécialité. Les organisations de base et les sociétés de discipline médicale reconnues sont représentées à la Chambre médicale, le parlement de la FMH.