La statistique médicale annuelle, la Carte de professionnel de santé ou le portail Internet myFMH ne sont que trois des nombreux projets que la FMH gère pour le corps médical. Le Secrétariat général est responsable de la conduite opérationnelle et de la coordination. Il emploie quelque 70 collaborateurs et est dirigé par un secrétaire général. Le Secrétariat général assiste en outre le Comité central dans ses activités et en applique les décisions.
Responsable: Anne-Geneviève Bütikofer
Suppléant: Hanspeter Kuhn