La FMH, in quanto organizzazione mantello del corpo medico svizzero, comprende 26 organizzazioni di base. Si tratta delle società mediche cantonali, dell’Associazione dei medici dirigenti ospedalieri svizzeri (AMDOS) e dell’Associazione dei medici assistenti e capiclinica (ASMAC). I medici che aderiscono alla FMH, sono contemporaneamente anche membri di una di queste organizzazioni di base. Parallelamente, la FMH riconosce una società medica specialistica per ogni specializzazione. Le organizzazioni di base e le società mediche specialistiche riconosciute sono rappresentate nella Camera medica, il Parlamento della FMH.