La statistica medica annuale, la Health Professional Card oppure la piattaforma Internet myFMH sono tre dei numerosi progetti gestiti dalla FMH per il corpo medico. Il segretariato generale si occupa anche delle attività operative e della coordinazione. Impiega una settantina di collaboratori ed è diretto da un segretario generale. Il segretariato generale assiste, inoltre, il Comitato centrale nello svolgimento dei suoi compiti e ne applica le decisioni.
Direzione: Daniel Herzog
Supplenza: Hanspeter Kuhn