L’ISFM riunisce l’insieme dei principali attori del settore del perfezionamento professionale e dell’aggiornamento: tutte le società mediche specialistiche, le cinque facoltà di medicina, i medici che seguono un perfezionamento professionale, i formatori, i rappresentanti dei centri di perfezionamento professionale (H+) e le istituzioni pubbliche (CDS, UFSP, MEBEKO). Una volta all’anno viene organizzata un’assemblea plenaria. I 19 membri del Comitato si riuniscono da tre a quattro volte all’anno. Le sedute dell’ISFM sono preparate dalla direzione, composta dal presidente, dai due vicepresidenti e dal direttore dell’ISFM.
Sul piano organizzativo i collaboratori dell’ISFM sono integrati nel segretariato generale della FMH. Nel loro lavoro possono ricorrere alle prestazioni dei diversi dipartimenti, per esempio il servizio traduzioni, il servizio giuridico oppure la contabilità.