Um das Schweizer Fallpauschalensystem weiterzuentwickeln und zu verbessern, führt die SwissDRG AG jährlich ein Antragsverfahren durch. Diese Anträge können über die Aktionäre der SwissDRG AG – also auch über die FMH – einreicht werden. Anträge der Ärzteschaft können ausschliesslich von den Präsidenten und DRG-Delegierten der Fachgesellschaften und Dachverbände mit dem dafür vorgesehenen Antragsformular eingereichen werden. Die FMH unterstützt die Fachgesellschaften und Dachverbände dabei mit ihren DRG- und Kodierexperten aus Deutschland und von Schweizer Universitätsspitälern. Die Erfahrungen aus Deutschland zeigen deutlich, wie wichtig es ist, dass die Ärzteschaft ihre Anliegen mittels dieser Anträge möglichst frühzeitig platziert.
Im Jahr 2008 haben die Fachgesellschaften und Dachverbände über 1600 Anträge zur Verbesserung des SwissDRG-Systems eingereicht. Dabei handelte es sich v. a. um Anträge zur Schweizerischen Operationsklassifikation (CHOP).