La FMH non è soltanto l’associazione professionale dei medici svizzeri, è anche l’organizzazione mantello di 26 organizzazioni cosiddette di base. Si tratta delle società mediche cantonali, dell’Associazione dei medici dirigenti ospedalieri svizzeri (AMDOS) e dell’Associazione dei medici assistenti e capiclinica (ASMAC). Il medico che aderisce alla FMH, diventa contemporaneamente membro di una delle organizzazioni di base competente per la sua attività. Parallelamente, la FMH riconosce una società medica specialistica per ogni specializzazione.

All’interno della FMH diversi organi si assumono funzioni e compiti necessari per una politica associativa di successo. Le competenze sono chiaramente definite nello Statuto della FMH (in francese e tedesco).