Il Comitato centrale rappresenta la FMH nei confronti delle Autorità e del Pubblico. È composto di medici provenienti da diverse specializzazioni e in questo modo rappresenta una vasta gamma delle attività mediche in Svizzera. In quanto organo direttivo della FMH, il Comitato centrale dirige le attività operative della FMH. Esso è attivo strategicamente e siede in numerose commissioni ed istituzioni del settore sanitario. Rientrano tra i suoi compiti anche l’applicazione delle decisioni della Camera medica e dell’Assemblea dei delegati, come anche la nomina di gruppi di lavoro. Le competenze sono suddivise in diversi dipartimenti.